Il s'agit d'un examen permettant d'observer l'œsophage, l'estomac et le duodénum (la première partie de l'intestin grêle). L'examen est réalisé par l'introduction d'un endoscope dans la bouche du patient. L'endoscope est un tube flexible d'environ 1 cm de diamètre, équipé d'une source de lumière et d'une caméra.
L'endoscope possède des canaux de travail permettant d'aspirer, d'injecter de l'air ou de l'eau et de passer des instruments pour différents traitements.
L'endoscope permet, si nécessaire, l'utilisation d'un équipement supplémentaire, par exemple pour réaliser une biopsie ou effectuer l'ablation d'un polype au cours de l'examen.